植物基因组数据库
TAIRarabidopsis.org
拟南芥基因组与功能注释核心数据库
注释信息、突变体、表达图谱、GO富集
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Ensembl Plantsplants.ensembl.org
100+植物物种基因组浏览器
多物种比较、基因注释、变异数据、REST API
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Phytozomephytozome-next.jgi.doe.gov
DOE-JGI植物比较基因组学平台
全基因组、基因家族、共线性、JBrowse
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MaizeGDBmaizegdb.org
玉米遗传与基因组学核心数据库
基因组浏览、QTL、突变体资源、BLAST
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SoyBasesoybase.org
大豆遗传与基因组整合数据库
基因组、SNP浏览器、表达、代谢通路
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Gramenegramene.org
作物比较基因组学资源库
比较基因组、通路、表达数据、Plant Reactome
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Rice GArice.uga.edu
水稻Os-Nipponbare参考基因组注释
参考基因组、基因注释、表达、BLAST
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WheatOmicswheatomics.sdau.edu.cn
小麦多组学数据整合平台
小麦基因组、GWAS、表达、共表达网络
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CottonGencottongen.org
棉花基因组与遗传育种数据库
棉花基因组、QTL、标记、育种资源
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SGNsolgenomics.net
茄科植物基因组学网络
番茄/马铃薯/辣椒基因组、标记、表型
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RAP-DBrapdb.dna.affrc.go.jp
水稻注释计划数据库
水稻基因组注释、ORF预测、比较基因组
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BarleyGenomewebblast.ipk-gatersleben.de
大麦基因组资源平台
大麦基因组、BLAST、标记、表达数据
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PlantTFDBplanttfdb.gao-lab.org
165+物种植物转录因子数据库
转录因子分类、家族分析、结合位点预测
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化合物数据库与化学资源
PubChempubchem.ncbi.nlm.nih.gov
全球最大化合物生物活性公共数据库
2.8亿+化合物、生物活性、专利、批量下载
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ChEMBLebi.ac.uk/chembl
EMBL-EBI生物活性分子数据库
生物活性、靶标-配体、SAR、API
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ZINCzinc.docking.org
UCSF虚拟筛选化合物库
10亿+化合物、3D结构、供应商链接、子集下载
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COCONUTcoconut.naturalproducts.net
全球天然产物在线数据库
天然产物结构搜索、物种来源、FAIR
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NPASSbidd.group/NPASS
天然产物活性与物种来源数据库
活性数据、靶标、物种来源、药代参数
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LOTUSlotus.naturalproducts.net
开放天然产物结构库
天然产物、化学分类、结构聚类、REST API
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DrugBankgo.drugbank.com
综合药物与靶标数据库
药物靶标、分子机制、药代毒理、结构下载
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BindingDBbindingdb.org
蛋白-配体结合亲和力数据库
结合亲和力Ki/Kd/IC50、热力学、批量导出
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PDBbindpdbbind.org.cn
PDB结合亲和力基准数据集
PDB配体复合物、结合常数、基准测评
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SuperNatural IIbioinf-applied.charite.de
325k+天然化合物及其靶标数据库
天然产物、靶标信息、毒性数据、3D结构
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CMAUPbidd.group/CMAUP
植物天然产物与靶标数据库
植物成分、靶标、通路、适应症
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TCMSPtcmspw.com
中药系统药理学数据库
中药成分、ADME、靶标、网络药理学
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MolPortmolport.com
全球化合物供应商一站式检索
供应商比价、结构搜索、批量采购
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eMoleculesemolecules.com
商用化合物搜索引擎
结构搜索、供应商、即时报价
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化学遗传学与靶标预测
STITCHstitch.embl.de
化合物-蛋白质互作网络数据库
化合物-蛋白网络、置信度、多物种覆盖
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SwissTargetPredictionswisstargetprediction.ch
化合物反向靶标预测平台
靶标预测、化学相似性、多物种、批量提交
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SEAsea.bkslab.org
相似性集成算法预测化合物-蛋白关联
化学相似性、靶标预测、药物重定位
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DGIdbdgidb.org
药物-基因互作数据库
药物-基因关联、靶标筛选、临床注释
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ProToxtox.charite.de
化合物毒性预测平台
毒性预测、LD50、器官毒性、AOP
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admetSARlmmd.ecust.edu.cn
ADMET性质预测服务器
吸收、分布、代谢、排泄、毒性预测
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PassOnlineway2drug.com
预测化合物生物活性谱
多活性预测、Pa/Pi评分、在线提交
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ChemSpiderchemspider.com
RSC免费化学结构数据库
结构搜索、性质预测、谱图数据
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MolViewmolview.org
在线分子编辑与可视化工具
分子构建、3D优化、谱图模拟、导出
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ChemMinechemmine.ucr.edu
在线化学信息学分析平台
结构聚类、相似性搜索、理化性质、R包
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Mculemcule.com
在线药物设计与虚拟筛选平台
分子对接、打分、采购、定制合成
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植物生物信息学平台
BARbar.utoronto.ca
拟南芥生物信息资源集成平台
ePlant、eFP浏览器、共表达、蛋白互作
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PLAZAbioinformatics.psb.ugent.be/plaza
植物比较基因组学工作台
基因家族、共线性、同源基因、系统发育
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Araportaraport.org
拟南芥信息门户
基因组浏览、JBrowse、基因报告、ThaleMine
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CoNekTconekt.sbs.ntu.edu.sg
植物共表达网络跨物种比较
共表达网络、跨物种、功能预测、单细胞
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ePlantbar.utoronto.ca/eplant
拟南芥多维度基因信息可视化
3D结构、染色体、互作网络、表达热图
访问复制
MapManmapman.gabipd.org
植物通路映射与组学可视化
代谢通路、转录组映射、通路富集
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PlantSEEDmodelseed.org
植物基因组规模代谢模型
代谢模型、通量平衡分析、酶注释、代谢预测
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Bio-Analytic Resourcebar.utoronto.ca/tools
拟南芥生物分析工具箱
基因表达分析、功能富集、模体发现
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SUBAsuba.live
拟南芥亚细胞蛋白质组定位数据库
亚细胞定位、蛋白组学、荧光蛋白融合
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Elixir Plantelixir-europe.org
欧洲植物生命科学基础设施
数据标准、互操作、培训、工具注册
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CyVersecyverse.org
植物与生命科学云计算平台
云计算、数据管理、分析工作流
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Galaxy Plantsusegalaxy.org
植物基因组学在线分析工作台
NGS分析、转录组、ChIP-seq、工作流
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高通量筛选与化合物供应商
ChemBridgechembridge.com
全球小分子化合物库供应商
多样化合集、类药性筛选、片段库
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Enamineenamine.net
全球最大筛选化合物库与合成服务
280万+化合物、REAL库、片段库、定制合成
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Selleckselleck.cn
抑制剂与工具化合物供应商
信号通路抑制剂、天然产物、标准品
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Life Chemicalslifechemicals.com
靶标聚焦化合物集供应商
GPCR库、激酶库、类药库、天然产物
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MedChemExpressmedchemexpress.com
抑制剂、激动剂及生化试剂
通路抑制剂、PROTAC、天然产物
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Tocristocris.com
生命科学小分子工具化合物
GPCR配体、离子通道、激酶抑制剂
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Cayman Chemicalcaymanchem.com
生化与化学研究用标准品
脂质介质、同位素标记、ELISA试剂盒
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TargetMoltargetmol.com
化合物库与天然产物供应商
抑制剂库、天然产物库、化合物库
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SPECSspecs.net
化合物管理与虚拟筛选服务
虚拟筛选、化合物管理、数据管理
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表达图谱与转录组学
eFP Browserbar.utoronto.ca/efp
拟南芥电子荧光图谱
发育系列、胁迫响应、激素处理
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ATTED-IIatted.jp
拟南芥共表达数据库
共表达、条件特异、网络分析
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Genevestigatorgenevestigator.com
商用表达数据挖掘与荟萃分析
荟萃分析、条件搜索、生物标志物
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PlantExpressplantomics.mind.meiji.ac.jp
植物组学表达数据库
水稻表达、田间数据、组织特异性
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PLEXdbplexdb.org
植物与病原体表达数据库
微阵列、RNA-seq、植物-病原互作
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TraVAtabitba.sb-ras.ru
植物转录组图谱
跨物种比较、发育、环境响应
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GEOncbi.nlm.nih.gov/geo
NCBI基因表达综合数据库
芯片/测序数据、公共数据、批量下载
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Expression Atlasebi.ac.uk/gxa
EBI基因表达图谱
多物种、差异表达、条件搜索
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BAR eFP-Seqbar.utoronto.ca/efpseq
拟南芥RNA-seq电子荧光图谱
RNA-seq可视化、发育梯度、胁迫
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RiceXProricexpro.dna.affrc.go.jp
水稻表达谱数据库
田间发育、激素处理、微阵列
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Maize eFPbar.utoronto.ca/efp_maize
玉米电子荧光图谱
玉米发育、组织特异、胁迫响应
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代谢组学资源
MetaboLightsebi.ac.uk/metabolights
EMBL-EBI代谢组学数据存储库
代谢组数据存储、标准化、数据提交
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PlantCycplantcyc.org
植物代谢通路数据库
代谢通路、酶信息、反应、化合物
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KNApSAcKknapsackfamily.com
物种-代谢物关系综合数据库
物种-代谢物、天然产物、质谱参考
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MWmetabolomicsworkbench.org
NIH代谢组学数据与分析资源
数据存储、分析工具、标准化协议
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MassBankmassbank.eu
高分辨质谱数据库
质谱参考、标准品谱图、代谢物鉴定
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GNPSgnps.ucsd.edu
全球天然产物分子网络分析平台
分子网络、代谢物鉴定、谱库搜索
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MeRy-Bservices.cbib.u-bordeaux.fr
植物代谢组学NMR数据库
NMR数据、代谢物浓度、多物种
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Metlinmetlin.scripps.edu
Scripps代谢组学MS/MS数据库
MS/MS谱图、代谢物标准品、同位素标记
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MetaCycmetacyc.org
代谢通路百科全书
多物种代谢通路、酶、反应、化合物
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BioCycbiocyc.org
生物通路基因组数据库集合
基因组规模代谢网络、通路富集
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蛋白质结构与分子模拟
PDBrcsb.org
全球蛋白质结构数据库
20万+蛋白结构、配体、X射线/NMR/CryoEM
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AlphaFold DBalphafold.ebi.ac.uk
DeepMind蛋白质结构预测数据库
2亿+预测结构、质量评分、API
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UniProtuniprot.org
蛋白质序列与功能信息资源库
蛋白序列、功能注释、结构域、翻译后修饰
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InterProebi.ac.uk/interpro
蛋白质结构域与家族分类
结构域预测、家族、功能位点
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SMARTsmart.embl.de
蛋白质结构域架构分析工具
结构域注释、模块架构、系统发育
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PROSITEprosite.expasy.org
蛋白质结构域与功能位点数据库
结构域、功能位点、模式/轮廓
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Swiss-Modelswissmodel.expasy.org
蛋白质同源建模服务器
同源建模、模型评估、配体对接
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I-TASSERzhanggroup.org
蛋白质结构与功能预测服务器
三级结构预测、功能注释、GO预测
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AutoDock Vinavina.scripps.edu
开源分子对接引擎
对接引擎、评分函数、多线程、Python接口
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HADDOCKwenmr.science.uu.nl
蛋白-蛋白/蛋白-配体对接平台
分子对接、NMR约束、界面分析
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Rosettarosettacommons.org
蛋白质建模与设计套件
折叠预测、蛋白设计、对接评分
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PyMOLpymol.org
分子可视化与科学作图软件
分子可视化、高品质渲染、Python脚本
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通路与网络分析
KEGGgenome.jp/kegg
京都基因与基因组百科全书
代谢通路、信号通路、药物、全物种
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STRINGstring-db.org
蛋白质互作网络数据库
互作网络、共表达、基因组共现、富集分析
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Plant Reactomeplantreactome.gramene.org
植物特异性通路数据库
植物通路、代谢、信号转导、基因-通路映射
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WikiPathwayswikipathways.org
社区驱动通路数据库
社区编辑、通路图、GPML格式、多物种
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Cytoscapecytoscape.org
网络分析与可视化开源平台
网络分析、插件生态、通路映射
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CORNETbioinformatics.psb.ugent.be/cornet
植物共表达与调控网络
共表达网络、调控网络、转录因子靶标
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GeneMANIAgenemania.org
基因功能预测与网络分析
基因网络、功能预测、多物种
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PANTHERpantherdb.org
基因功能分类与通路分析
GO富集、通路分析、蛋白分类
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DAVIDdavid.ncifcrf.gov
基因功能注释与富集分析
GO富集、KEGG富集、功能聚类
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KEGG Mapperkegg.jp/kegg/mapper
KEGG通路映射工具
代谢通路映射、模块重建
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植物激素与信号转导
AHDahd.cbi.pku.edu.cn
拟南芥激素数据库
激素应答基因、信号通路、突变体表型
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PlantPanplantpan.itps.ncku.edu.tw
植物启动子分析资源
启动子结构、顺式元件、转录因子结合预测
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PlantCAREbioinformatics.psb.ugent.be
植物顺式调控元件数据库
启动子元件、增强子、激素应答元件
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PlnTFDBplntfdb.bio.uni-potsdam.de
植物转录因子数据库v3.0
TF分类、家族、系统发育、表达谱
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HRGPhrgpwiki.proteins.wur.nl
植物激素应答基因数据库
激素应答、转录组荟萃、差异表达
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Agrisarabidopsis.med.ohio-state.edu
拟南芥基因调控网络数据库
TF-靶基因、调控网络、系统生物学
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Jasparjaspar.genereg.net
转录因子结合谱数据库
TF结合位点、位置权重矩阵、多物种
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PlantRegMapplantregmap.gao-lab.org
植物转录调控图谱
TF结合位点、调控网络、顺式元件
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ChIPBaserna.sysu.edu.cn/chipbase
转录因子调控网络数据库
ChIP-seq数据挖掘、TF-靶基因
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PhytoABphytoab.com
植物抗体资源
植物抗体、激素蛋白、western blot
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文献检索与引文分析
PubMedpubmed.ncbi.nlm.nih.gov
生物医学文献检索核心工具
3400万+文献、MeSH词表、高级搜索
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Google Scholarscholar.google.com
跨学科学术搜索引擎
引用追踪、作者档案、期刊排名
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Web of Sciencewebofscience.com
SCI核心期刊引文索引
引用报告、JCR分区、h-index
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Semantic Scholarsemanticscholar.org
AI驱动学术搜索引擎
AI摘要、引用上下文、影响力指数
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Connected Papersconnectedpapers.com
文献关联图谱可视化
引用网络图谱、相关文献发现
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Research Rabbitresearchrabbit.ai
AI文献发现与关联图谱
文献关联、可视化、推荐算法
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bioRxivbiorxiv.org
生物学预印本服务器
最新成果、开放获取、版本管理
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arXiv q-bioarxiv.org
量化生物学预印本
计算生物学、基因组学预印本
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文献管理与知识组织
Zoterozotero.org
开源文献管理工具
浏览器集成、Word插件、标签整理
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Mendeleymendeley.com
文献管理与学术社交
PDF标注、推荐、协作分享
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Paperpilepaperpile.com
云端文献管理工具
Google Docs集成、PDF管理
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ZoteroBibzbib.org
即时参考文献生成
ISBN/DOI/URL自动识别、多格式输出
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ResearchGateresearchgate.net
学术社交与研究分享平台
论文分享、协作、项目展示
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ORCIDorcid.org
研究者唯一标识系统
身份识别、成果关联、API集成
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Figsharefigshare.com
研究数据共享平台
DOI分配、数据集、海报、预印本
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Zenodozenodo.org
开放科学数据存储库
EU资助、GitHub集成、DOI
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序列分析与分子克隆
BLASTblast.ncbi.nlm.nih.gov
NCBI序列比对核心工具
核苷酸/蛋白比对、多序列、在线
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Clustal Omegaebi.ac.uk
EBIMBL-EBI多序列比对工具
多序列比对、引导树、快速算法
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MAFFTmafft.cbrc.jp
高速多序列比对程序
大规模比对、迭代优化、在线
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MUSCLEdrive5.com/muscle
高精度多序列比对
精度高、速度快、大规模数据
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MEGAmegasoftware.net
分子进化遗传分析软件
系统发育、模型选择、序列分析
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iTOLitol.embl.de
交互式生命树可视化
系统发育树注释、美化、导出
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Primer3primer3.ut.ee
PCR引物在线设计工具
引物设计、TM计算、特异性检测
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SnapGenesnapgene.com
分子克隆规划与可视化软件
质粒图谱、克隆仿真、酶切分析
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Benchlingbenchling.com
云端分子生物学平台
序列编辑、CRISPR设计、团队协作
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种质资源与突变体库
ABRCabrc.osu.edu
拟南芥生物资源中心
T-DNA插入系、cDNA、载体、种子
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NASCarabidopsis.info
欧洲拟南芥种质中心
种子分发、插入系、自然变异
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RAP-DB Mutantrapdb.dna.affrc.go.jp
水稻突变体资源
Tos插入系、激活标签系
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NIAS Genebankgene.affrc.go.jp
日本农业生物资源基因库
水稻小麦大豆种质、基因组信息
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GRINnpgsweb.ars-grin.gov
美国国家植物种质系统
50万+植物种质、表型、基因型
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GABI-Katgabi-kat.de
拟南芥T-DNA插入突变体库
侧翼序列标签、基因功能研究
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SALK T-DNAsignal.salk.edu
SALK T-DNA插入系数据库
插入位点、纯合子、侧翼序列
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RMDrmd.ncpgr.cn
水稻突变体数据库
T-DNA/Tos插入、表型数据
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基因组变异与群体遗传
1001 Genomes1001genomes.org
拟南芥1001基因组项目
全基因组变异、群体结构、GWAS
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RiceVarMapricevarmap.ncpgr.cn
水稻变异图谱数据库
SNP/InDel、GWAS、单倍型
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Gramene Variationensembl.gramene.org
植物变异数据浏览器
SNP、结构变异、群体遗传
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DbSNPncbi.nlm.nih.gov/snp
NCBI单核苷酸多态性数据库
人类/模式生物SNP、临床注释
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PlantGDB Variationplantgdb.org
植物基因组变异资源
多物种SNP、比对、装配
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SNP-Seekoryzasnp.org/iric-portal
国际水稻信息学联盟SNP
3000水稻基因组、IRIC数据
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SoyKBsoykb.org
大豆知识库
大豆组学、GWAS、QTL、标记
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T3/Wheattriticeaetoolbox.org
小麦与大麦遗传分析工具箱
GWAS、基因组预测、表型分析
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植物表型与图像分析
PlantCVplantcv.org
开源植物图像分析平台
表型分析、图像处理、机器学习
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ImageJ/Fijifiji.sc
开源生物图像分析软件
生物图像处理、宏脚本、插件
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Plant Phenomicsphenomics.plant-phenotyping.org
植物表型组学资源
表型平台、方法、数据库
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RootNavrootnav.com
根系图像半自动分析工具
根构型、长度、角度、拓扑
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GiA Rootsgiaroots.ccbb.utexas.edu
根系表型高通量图像分析
高通量、形态特征提取
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Leaf-GPplantmodelling.shinyapps.io
叶片生长表型分析
叶片追踪、生长曲线、图像分析
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EasyLeafeasyleaf.herokuapp.com
叶片面积在线测量工具
叶片面积、形态参数、批量处理
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PhenoArchwww6.montpellier.inrae.fr
高通量植物表型平台
自动浇灌、多传感器、气候控制
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学术写作与数据可视化
Overleafoverleaf.com
在线LaTeX协作编辑器
协作写作、模板、版本控制
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BioRenderbiorender.com
科学插图与示意图制作
模板库、实验流程、信号通路
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Inkscapeinkscape.org
开源矢量图形编辑器
科学作图、SVG编辑、矢量导出
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ggplot2ggplot2.tidyverse.org
R语言数据可视化包
优雅语法、图层、统计变换
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Plotlyplotly.com
交互式数据可视化库
Python/R/JS、3D、仪表板
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RStudioposit.co
R语言集成开发环境
统计分析、可视化、R包生态
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Jupyterjupyter.org
交互式编程笔记本
Python/R/Julia、数据分析、分享
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DeepLdeepl.com
高精度AI翻译工具
学术翻译、多语言、术语准确
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Grammarlygrammarly.com
英文写作润色助手
语法检查、风格建议、查重
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单细胞与空间组学
Single Cell Portalsinglecell.broadinstitute.org
Broad单细胞数据门户
单细胞表达、可视化、多研究
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scRNA-toolsscrna-tools.org
单细胞RNA-seq工具目录
1700+工具、分类检索
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Seuratsatijalab.org/seurat
单细胞分析R工具包
聚类、降维、差异、数据整合
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Scanpyscanpy.readthedocs.io
单细胞分析Python库
聚类、轨迹推断、可视化
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Monoclecole-trapnell-lab.github.io
单细胞伪时间分析工具
轨迹推断、差异表达、分支
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Giottogiottosuite.readthedocs.io
空间转录组分析平台
空间域检测、细胞互作、共表达
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SpatialDBspatialomics.org
空间组学数据资源
空间转录组数据库、文献
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STOmics DBdb.cngb.org/stomics
时空组学数据库
Stereo-seq、空间表达、可视化
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Plant scRNAplantscrnadb.com
植物单细胞RNA数据库
多植物单细胞图谱、标记基因
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AI与计算生物学
AlphaFoldalphafold.ebi.ac.uk
DeepMind蛋白结构预测
2亿+蛋白、精准度、开源代码
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RoseTTAFoldrobetta.bakerlab.org
三轨神经网络蛋白结构预测
快速预测、复合物、多链
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ESMFoldesmatlas.com
Meta蛋白语言模型折叠预测
亿级蛋白预测、速度极快
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ColabFoldcolabfold.com
云端AlphaFold2便捷运行
Google Colab、MMseqs2、在线
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DeepChemdeepchem.io
深度学习药物发现框架
分子指纹、毒性预测、QSAR
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Chempropchemprop.readthedocs.io
分子性质预测深度学习
图神经网络、性质预测、MPNN
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RDKitrdkit.org
开源化学信息学工具包
分子指纹、描述符、化学反应
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OpenBabelopenbabel.org
化学工具箱与文件转换
100+格式互转、分子编辑
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BioPythonbiopython.org
Python生物信息学工具集
序列分析、结构解析、数据库查询
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scikit-learnscikit-learn.org
Python机器学习库
分类、回归、聚类、降维
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模式生物数据库
NCBIncbi.nlm.nih.gov
美国国家生物技术信息中心
GenBank、SRA、Taxonomy、工具
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EBIebi.ac.uk
欧洲生物信息学研究所
EMBL数据库、工具、培训
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DDBJddbj.nig.ac.jp
日本DNA数据库
序列存贮、注释、共享
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OMIMomim.org
人类孟德尔遗传在线数据库
基因-表型、遗传病、变异
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PomBasepombase.org
裂殖酵母模式生物数据库
基因组、功能注释、文献
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WormBasewormbase.org
秀丽隐杆线虫数据库
基因组、表达、互作、文献
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FlyBaseflybase.org
果蝇模式生物数据库
基因组、表型、互作、文献
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ZFINzfin.org
斑马鱼模式生物数据库
基因组、表型、表达、资源
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RGDrgd.mcw.edu
大鼠基因组数据库
基因组、QTL、表型、通路
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Addgeneaddgene.org
质粒共享非营利组织
质粒检索、订购、存储
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Protocols.ioprotocols.io
交互式实验方案平台
方案分享、版本控制、协作
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